CHAPTER ONE                                                                                                                    1

1.1       Introduction                                                                                                                1

CHAPTER TWO: MICROBIAL DIVERSITY AND GI TRACT                                      4

2.1       Microbial Diversity                                                                                                     4

2.1.1    Bacterial                                                                                                                      5

2.1.2    Fungi                                                                                                                           6

2.1.3    Archea                                                                                                                         6

2.1.4    Viruses                                                                                                                        7

2.2       Composition of GI Tract                                                                                            8

2.2.1    Oral Cavity                                                                                                                 9

2.2.2    Esophagus                                                                                                                   10

2.2.3    Stomach                                                                                                                      11

2.2.4    Intestine                                                                                                                      12

2.3       Distribution of Microorganism in Gastrointestinal Tract                                            13

CHAPTER THREE: Human Gut Microbiota                                                                                    17

3.1       Complexity of Gut Microbiota                                                                                   17

3.2       Composition and Structure of Human GI Microbiota                                                17

3.3       Biogeography of the Human Microbiota in GI Tract                                                 19

CHAPTER FOUR: GUT MICROBIOTA AND METABOLISM                                       21

4.1       Gut Microbiota and Carbohydrate Metabolism                                                          21

4.2       Gut Microbiota and the Lipid Metabolism                                                                 23

4.3       Gut Microbiota and Bile Acid Metabolism                                                                24

4.4       Gut Microbiota and Protein/Amino Acid Metabolism                                               25

4.5       Gut Microbiota and Vitamin Metabolism                                                                   25

4.6       Gut Microbiota and Gases                                                                                          27

4.7       Role of The Gi Microbiota In Health                                                                         28

CHAPTER FIVE: CONCLUSION                                                                                       30

REFERENCES                                                                                                                      31