CHAPTER ONE                                                                                                                  1

1.1       Introduction                                                                                                                1

CHAPTER TWO                                                                                                                 5

2.1       Three Generations of Sequences                                                                                 5

2.2       Metataxonomics, Metagenomics and Metatranscriptomics                                       6

2.3       Metagenomic Analysis                                                                                                9

2.4       Metagenomic Classification                                                                                        11

2.5       Novel Output from Metagenomics                                                                             17

CHAPTER THREE                                                                                                             22

3.1       Existing Platforms for Comparative Genomics and Approaches for NGS-Based     Taxonomic and Phytogenic Studies                                                                             22

3.2       Phenotypic Identification                                                                                           26

3.3       Genotypic (Molecular) Identification                                                                         29

CHAPTER FOUR                                                                                                                35

4.1       Impact of Microbial Taxonomy and Genome Resources on Classification                35

4.2       Bacterial Genomic Sequencing                                                                                   38

4.2.1    Escherichia coli and other Enterobacteriaceae                                                          38

4.2.2    Staphylococcus aureus and coagulase-negative staphylococci                                   40

4.2.3    Streptococci and enterococci                                                                                      42

4.3       Genomic Sequencing of Natural Producing Microorganisms                         44

CHAPTER FIVE                                                                                                                 47

5.1       Conclusion                                                                                                                  47

References                                                                                                                              48