CHAPTER ONE                                                                                                         1 

1.0       Introduction                                                                                                    1 

CHAPTER TWO                                                                                                        4 

2.0       Pathogenic Organisms Associated with Fish Diseases                                  4 

2.1       Vibrio spp.                                                                                                      6 

2.2       Listeria spp.                                                                                                    8 

2.3       Salmonella spp.                                                                                               12 

2.4       Yersinia spp.                                                                                                   16 

2.5       Clostridium botulinum                                                                                    20 

CHAPTER THREE                                                                                                    23 

3.0       Conventional Identification of Pathogenic Bacteria from Fishes              23 

3.1       Quantitative Culture Methods                                                                        23 

3.2       Qualitative Culture Methods                                                                          24 

3.3       Rapid and Automated Methods                                                                      24 

3.3.1    Changes to Culture Methods                                                                          25 

3.3.2    ATP Bioluminescence                                                                                    26 

3.3.3    Microscopic Methods                                                                                     27 

3.3.4    Immunological Detection Methods                                                                29 

3.4       Advantages and Disadvantages of Conventional Techniques                        31 

CHAPTER FOUR                                                                                                      35 

4.0       Molecular Identification of Pathogenic Bacteria from Fishes                        35 

4.1       Forensically informative nucleotide sequencing (FINS)                                36 

4.2       Restriction fragment length polymorphism (RFLP)                                       41 

4.3       Post-PCR analysis methods                                                                            43 

4.4       Amplified fragment length polymorphism (AFLP)                                        44 

4.5       Single-stranded conformational polymorphism (SSCP)                                45 

4.6       Random amplified polymorphic DNA (RAPD)                                             46 

4.7       Advantages and Disadvantages Molecular Techniques                                 48 

Conclusion                                                                                                                  50 

References                                                                                                                  52